La grande guerre ninja est l'un des arcs narratifs les plus importants de la série Naruto. Cet arc est divisé en plusieurs parties, chacune ayant son propre ensemble de personnages, d'histoires et de combats.
Dans la première partie de la guerre, on voit l'affrontement entre l'alliance des villages ninja et l'organisation criminelle Kabuto Yakushi. Au cours de cette partie, on découvre des personnages tels que le Raikage, le Mizukage, le Tsuchikage et le Kazekage, qui sont les dirigeants des différents villages ninja. On voit également le retour de personnages déjà connus, tels que Tsunade, Orochimaru et Sasuke Uchiha. Pendant cette partie, les combats sont intenses et on assiste à des moments épiques.
Dans la deuxième partie de la guerre, l'alliance doit faire face à l'armée réincarnée de l'ancien ninja légendaire Madara Uchiha et à la véritable identité de Tobi, l'ancien membre de l'Akatsuki. Pendant cette partie, on découvre l'histoire derrière la création des bijuu et comment ils ont fini par être scellés dans des jinchuuriki. On voit également le retour de personnages disparus, tels que Neji et Jiraya.
Dans la troisième partie de la guerre, Naruto Uzumaki et Sasuke Uchiha se battent contre Obito Uchiha, qui est la véritable identité de Tobi, et contre Madara Uchiha. Ces combats sont épiques et on assiste à la fin de la guerre et à la résolution de certaines histoires personnelles.
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